Đổi mới phương pháp dạy học trước hết là đáp ứng yêu cầu cần đạt về phẩm chất, năng lực người học và cuối cùng là vì mục tiêu đáp ứng bối cảnh của thời đại, nhu cầu phát triển đất nước.

Từ ưu thế của các phương pháp giáo dục, hình thức tổ chức dạy học mới đã triển khai trong những năm gần đây như: phương pháp bàn tay nặn bột, giáo dục trải nghiệm sáng tạo, tích hợp, liên môn, giáo dục STEM... việc đổi mới phương pháp dạy học ở trường THCS Nguyễn Trãi được thực hiện trên cơ sở phân hóa đối tượng, phân tích các căn cứ về điều kiện, loại hình năng lực và phẩm chất cần phát triển ở người học... để từ đó lựa chọn các hình thức tổ chức dạy học phù hợp, tăng cường các hoạt động trải nghiệm sáng tạo và ứng dụng công nghệ thông tin.

Các môn khoa học tự nhiên là các môn khoa học thực nghiệm. Bởi vậy, học sinh được thực hành rất nhiều trong các môn học này. Ở môn sinh học, để tìm hiểu được cấu tạo của hoa, cô giáo Hiền đã cho học sinh được thực hành phân tách các bộ phận của hoa để quan sát, từ đó rút ra được kết luận về cấu tạo của hoa và báo cáo. Được tự làm, được nhìn thấy, học sinh ghi nhớ kiến thức rất lâu và chắc chắn.

Ở môn hóa học, cuối mỗi một đơn vị kiến thức đều có một bài thực hành. Trong các tiết dạy bài mới cũng có rất nhiều thí nghiệm để học sinh nghiên cứu, minh họa cho các kiến thức trong bài. Với những thí nghiệm đơn giản, học sinh sẽ được tiến hành thí nghiệm theo nhóm. Với những thí nghiệm độc hại, khó thực hiện học sinh sẽ được giáo viên hướng dẫn quan sát qua video.

Dạy học theo dự án cũng được áp dụng rất nhiều trong các môn khoa học tự nhiện. Dưới sự phân công của giáo viên, học sinh chuẩn bị bài được giao theo nhóm và báo cáo lại trước lớp bằng nhiều hình thức khác nhau. Các em tự tin và tích cực hơn rất nhiều trong các tiết học

Để đáp ứng mục tiêu giáo dục mới, thay vì chỉ thiên về "dạy cái" các cô giáo tổ Hóa sinh địa chú trọng hơn về "dạy cách", từ chủ yếu quan tâm giúp học sinh "học cái gì" chuyển sang quan tâm hơn về "học như thế nào”. Tất cả vì các con học sinh thân yêu.