Bên cạnh các lớp học ngoại ngữ là Tiếng Anh, ở trường THCS Nguyễn Trãi còn có các lớp học ngoại ngữ là Tiếng Nhật.

Văn hóa sinh ngôn ngữ, ngôn ngữ lại là cách để thể hiện văn hóa.

Tuy rằng nhiều người​ học tiếng Nhật​ hay thậm chí chính người Nhật cũng cho rằng tiếng Nhật Bản khá là khó học, hệ thống từ vựng, ngữ pháp đồ sộ cùng sự phong phú với 3 bảng chữ cái. Nhưng thực tế cho thấy, tiếng Nhật vẫn rất quyến rũ và thu hút nhiều người học và trở thành một trong những ngôn ngữ được sử dụng nhiều nhất trên thế giới. Lý do không chỉ bởi tính linh hoạt trong vần điệu âm thanh, khả năng biểu đạt ý nghĩa tốt, mà còn bởi vì ngôn ngữ này gắn liền với một nền văn hóa đẹp đặc sắc và đáng ngưỡng mộ.

Ở trường THCS Nguyễn Trãi, với 3 lớp (hơn 120 học sinh) học song song 2 ngoại ngữ Tiếng Anh- Tiếng Nhật, các em học sinh may mắn được học tập với các thầy cô người Nhật dạy bộ môn Tiếng Nhật có kinh nghiệm sư phạm tốt, có sự kiên nhẫn và tận tụy đặc trưng của con người Nhật Bản. Các em không chỉ học ngôn ngữ của người Nhật mà trong các tiết ngoại khóa, các em còn được tìm hiểu về văn hóa ẩm thực, thời trang, ăn uống, trò chơi dân gian... vốn gắn liền với đời sống sinh hoạt của người Nhật Bản.

Các tiết học ngoại khóa được làm quen và thực hành với Trò chơi Kendama, nghệ thuật múa Yosakoi, nghệ thuật cắm hoa Ikebana, trang phục truyền thống​ Kimono, các món ăn nổi tiếng của Nhật như Sushi, Tempura, Sashimi... thực sự lôi cuốn học sinh, từ đó giúp các em hiểu thêm về con người và văn hóa Nhật Bản, thúc đẩy niềm yêu thích học tập Tiếng Nhật.

Ngoài ra, để các em có cơ hội được sống và trải nghiệm trong không gian văn hóa Nhật Bản, Nhà trường còn phối hợp để tổ chức Ngày hội văn hóa Nhật Bản ngay tại Trường.

Với mong muốn giúp các em học sinh "Học một ngôn ngữ, biết thêm một nền văn hóa", trường THCS Nguyễn Trãi sẽ tiếp tục đổi mới và sáng tạo, đẩy mạnh hơn nữa các hoạt động dạy học theo hướng trải nghiệm, gắn với thực tế đời sống trong dạy học ngoại ngữ, đặc biệt là môn Tiếng Nhật.